Konfiguriert wird Shutdown für MagiC PC über eine ASCII-Datei, die im selben Verzeichnis wie das Programm oder im Home-Ordner liegt. In dieser Datei kann man eine Defaultaktion festlegen, die beim Aufruf von Shutdown für MagiC standardmässig selektiert ist. Desweiteren lässt sich bestimmen, ob beim Shutdown überhaupt ein Fenster erscheinen soll. Fällt die Entscheidung gegen ein Fenster, wird sofort die Standardoption ohne Nachfrage ausgeführt. Soll das einmal nicht sein, kann mit gedrückter Shift-Taste das Fenster erzwungen werden. Außerdem kann man in der Konfigurationsdatei einstellen, wie sich das Shutdownprogramm beim Auflösungswechsel verhalten soll, ob die Windowsauflösung mit geändert wird oder nicht. Auch die Programme, die beim Shutdown Probleme machen, werden in der Konfigurationsdatei eingetragen, indem bestimmt wird, ob das jeweilige Programm terminiert oder ignoriert werden soll. Leider muß man das jedesmal von Hand tun.