Auch neue GEMScript-Kommandos, mit denen man Programme ferngesteuert anmelden, abmelden oder abfragen kann, bietet die neue Version des Atari-Desktops.
Mit der Funktion QueryApplication sucht man nach einer angemeldeten Applikation. Dabei kann man Parameter übergeben. Die angemeldete Applikation muß in allen übergebenen Parametern übereinstimmen. Passen die angegebenen Parameter auf mehrere Applikationen, wird nur die erste gefundene Applikation zurückgeliefert.
Mit CreateApplication meldet man neue Applikationen an. Auch hier kann man Parameter übergeben. Für fehlende Parameter setzt Jinnee Standardwerte ein. Beachten muß man bei dieser Funktion, dass bereits vorhandene Applikationen nicht ersetzt werden. Es wird immer eine neue Applikation angemeldet.
Die Funktion RemoveApplication löscht bereits angemeldete Applikationen.